После школы работал на заводе. Учился в военной авиационной школе пилотов в Энгельсе. В Советской Армии – с 1937 года. На фронтах Великой Отечественной войны – с декабря 1942 года. Командир звена 165-го гвардейского штурмового авиационного полка (10-я гвардейская штурмовая авиационная дивизия, 2-я воздушная армия, 1-й Украинский фронт).

Гвардии старший лейтенант Мударис Идрисович Мустафин к марту 1944 года совершил 98 боевых вылетов на штурмовку объектов противника, нанес ему значительный урон в боевой технике и живой силе. 26 октября 1944 года ему было присвоено звание Героя Советского Союза. После войны продолжал службу в ВВС. Капитан Мустафин с 1958 года – в запасе. Награжден орденом Ленина, Красной Звезды, двумя орденами Отечественной войны 1 степени, орденом Отечественной войны 2 степени, медалями.

В парке Скорбящей матери в Неверкине, на аллее Героев установлен бюст Героя Советского Союза Мустафина Мудариса Идрисовича.