Университет это не только обучение студентов, но и центр аграрной науки региона. Основными направлениями научной деятельности университета являются:
Оценка почв, прогнозирование состояния почвенного плодородия, рациональное использование земельных ресурсов; теплофизика и тепловая мелиорация почв; антропогенное воздействие на теплофизическое состояние почв;
Разработка эффективных технологий повышения плодородия почв, приемов эффективного использования средств химизации в земледелии и животноводстве;
Высокоэффективное освоение и использование мелиорируемых земель и водных ресурсов;
Высокоэффективное, адаптированное к рынку и местным условиям системное земледелие и энергосберегающие технологии возделывания с.-х. культур, биологизация земледелия и минимализация обработки почв;
Адаптивный потенциал яровых зерновых и кормовых культур на зональных и засоленных почвах;
Оптимизация эксплуатационных параметров и режимов работы почвообрабатывающих агрегатов, совершенствование их конструкций;
Механико-технологическое обоснование, создания и внедрения технологических процессов и машин вибрационно-ударного воздействия для перерабатывающей промышленности. Совершенствование и эффективное внедрение новой с.-х. техники и технологий;
Морфологический и физиологический механизм адаптации организма к внешним факторам среды;
Совершенствование технологий кормления и содержания с.-х. животных, производство экологически безопасной продукции животноводства;
Совершенствование и разработка эффективных технологий производства продукции животноводства, систем содержания и воспроизводства животных;
Совершенствование продуктивных и воспроизводительных способностей скота, создание сибирского молочного типа скота, определение оптимального индекса кондиции коров разных пород, разводимых в Алтайском крае, выявление связи с основными хозяйственно-полезными признаками и использование в селекции;
Эпизоотологический мониторинг особо опасных инфекционных болезней;
Морфология организма с.-х. животных и пантовых оленей в зависимости от вида, возраста, физиологического состояния, органопатология живот-ных;
Биогеоценотические патологии с.-х. животных;
Профилактика и лечение с.-х. животных. Клиническое и экспериментальное обоснование однорядных швов в ветеринарной абдоминальной хирургии;
Нарушение обмена веществ (минерального, углеводного, жирового, белкового), гормонального статуса щитовидной, паращитовидной и поджелудочных желез;
Разработка и внедрение в сельское хозяйство энергосберегающих элек-тротехнологий, электрооборудования и средств автоматизации;
Совершенствование технологии выращивания посадочного материала и производства плодов и ягод;
Организация и управление АПК, повышение эффективности использования основных производственных фондов в условиях рынка; земельные отношения и формы собственности, организационно-экономические основы развития инновационно-консультационной службы АПК;
Совершенствование бухгалтерского учета и хозяйственного контроля на предприятиях АПК в условиях рыночных отношений;
Педагогические основы непрерывного с.-х. образования в условиях рынка, разработка эффективных технологий обучения студентов и аспирантов;
Научно-методическое обеспечение земельно-оценочных работ, разработка проектов землеустройства на основе адаптивно-ландшафтного земледелия, агроэкологический мониторинг;
Радиологический мониторинг;
Философия и история религии, культура и философская антропология.
Международное сотрудничество является одним из непременных условий, определяющих развитие университета. Приоритет отдан совместным научным исследованиям с зарубежными вузами и научными организациями, повышению квалификации профессорско-преподавательского состава по-средством зарубежных стажировок, участию аспирантов и студентов университета в международных научных и академических программах.
Договоры о международном сотрудничестве заключены с пятнадцатью университетами и научными организациями Германии, США, Монголии, Индии, Казахстана и Узбекистана.