Климат Усть-Пристанского района определяется сложным взаимодействием циркуляции атмосферы и характера подстилающей поверхности.
По агроклиматическому справочнику Алтайского края территория Усть-Пристанского района относится к теплому недостаточно увлажненному климату. Характерной особенностью климата является его резкая континентальность: высокие летние и низкие зимние температуры, резкая смена суточных температур, малое количество осадков, поздние весенние и ранние осенние заморозки.
Характеристика климатических условий района приведена по ближайшим метеостанциям - Усть-Пристань и Алейская железная дорога.
Среднегодовая температура воздуха составляет 1,2-1,3 `C, средняя температура самого теплого месяца - июля +18,9 - +20,0 `C, самого холодного месяца - января - -17,5 - -18,1 `C. Средний абсолютный максимум температур по данным станциям +41 `C. Средний абсолютный минимум температур по данным метеостанции Усть-Пристань -50 `C , по Алейской ж.д. -47 `C.
В распределении осадков на территории района наблюдается континентальный тип годового хода с максимумом летом и минимумом зимой. Наиболее низкое количество осадков выпадает в феврале -14-19 мм. Начиная с марта, количество осадков постепенно увеличивается до июля, достигая максимума - 60-66 мм. К концу года количество осадков снова постепенно уменьшается. Среднегодовое количество осадков составляет 408-471 мм.
Основное направление ветра на территории района южное и юго–западное. Наибольшая скорость ветра наблюдается в ноябре-декабре 5,2-5,3 м/сек. Среднее количество дней со скоростью ветра более 10-15 м/сек. составляет 44 дня. Наибольшее количество дней с пыльными бурями выпадает на май и август. Общее количество дней с пыльными бурями в году составляет 28,2 дня, а с суховеями 11 дней.
В целом же климатические условия района являются благоприятными для возделывания большинства сельскохозяйственных культур, основной отраслью, которого является земледелие, преимущественно зернового направления с развитым молочно-мясным животноводством.