Евгений Мирковский родился в 1904 году в Минске в семье мелкого чиновника. В 1925 году по комсомольскому набору был принят в ОГПУ. В 20-е годы западная граница СССР была самой напряженной точкой на карте молодого государства.
Из соседней Польши в Белоруссию регулярно проникали вооруженные группы шпионов и диверсантов. Мирковский ловил нарушителей границы,
а также в составе отрядов советских органов госбезопасности забрасывался на польские территории. Толкового пограничника отправили учиться в Минское военно-пехотное училище. С весны 1941 года учился в Московской Высшей школе НКВД.
В начале войны капитана Мирковского назначили командиром роты отдельной мотострелковой бригады особого назначения НКВД. Это был элитный спецназ Лубянки. Бригадой,созданной для ведения разведывательно-диверсионной деятельности в тылу противника, руководил легендарный Павел Судоплатов. Осенью 1941 года бойцы ОМСБОНа участвовали в минировании окраин Москвы, ряда зданий столицы и готовились к уличным боям в самом городе. Когда началась битва за Москву, в тыл противника начали отправлять отряды ОМСБОНа. Во главе одной из рот в ноябре 1941 года свое боевое крещение принял и Мирковский.
В январе 1942 года в немецком тылу начал действовать отряд "белых призраков" - так немцы прозвали группу советских лыжников(спецотряд НКВД "Ходоки"), внезапно появлявшуюся в районах, где не было партизан. После совершения серии диверсий неуловимый отряд также внезапно исчезал. Все попытки немцев выследить и блокировать "белых призраков" были неудачными. Советским диверсантам под командованием Мирковского порой приходилось за сутки преодолевать 80-100 километров, поэтому никто не мог предсказать, где они появятся вновь. "Ходоки" были набраны исключительно из спортсменов-лыжников, способных за ночь пробежать не меньше сотни километров.
В марте 1942 года 15 бойцов спецгруппы "Ходоки"направили за линию фронта на границу Белоруссии и Украины. Отряду было поручено вывести из строя железную дорогу Чернигов - Овруч. За месяц группа Мирковского прошла по немецким тылам порядка 600 километров и добралась до Житомирщины.
В Житомитре "Ходоками" были взорваны электростанция, здание городского телеграфа, совершены другие диверсии. Финалом блестящей серии операций стал захват диверсантами в офицерской столовой Житомира гауптштурмфюрера СС Охта Армена. Через несколько дней в Житомире были взорваны нефтебазы и несколько зданий аэродрома. Ни одного из "Ходоков" немцам задержать не удалось.
В другом районе Евгений Мирковский провел операцию, которую до сих пор изучают в центрах спецназа: - без единого выстрела "Ходоки" уничтожили железнодорожную станцию Радча. Железнодорожные пути на станции восстанавливал венгерский батальон. Как выяснили разведчики, в боевом отношении по сравнению с немцами, он был совершенно никудышным. Бойцам "Ходоков" удалось завербовать командира одного из охранных подразделений, заставив венгерского унтер-офицера провести
на станцию диверсантов под видом рабочих.
Бойцы Мирковского сняли часовых и заняли их места. Затем они бесшумно проникли в дом, где спали немецкие офицеры. Немцев беззвучно перебили. После этого заминировали и взорвали
все станционные постройки. Движение по магистрали Овруч - Чернигов было парализовано в самый разгар Курской битвы. Только за май 1943 года за линией фронта "Ходоки" пустили под откос несколько эшелонов с живой силой противника и боеприпасами, уничтожили около десятка грузовиков с солдатами, ремонтную базу
с 49 автомобилями.
Свыше двадцати раз отряд Мирковского выводил из строя подземный кабель, соединявший Берлин со штабом группы армии "Центр".
Осенью 1943 года отряд Мирковского перемещается в Западную Белоруссию. Летом 1944 года после почти 2,5 лет нахождения в тылу врага он соединился с частями Красной Армии.
За это время "Ходоки" (в отряде было немногим более 300 человек) уничтожили в общей сложности около 3 тысяч солдат и офицеров противника. На их счету свыше 50 пущенных под откос эшелонов,
два сожженных на земле гитлеровских самолета и масса ценнейшей информации, направленной в Центр.
В конце 1944 года Мирковский вернулся в Москву. Там он узнал о присвоении ему звания подполковника и получил боевые награды, в том числе Звезду Героя Советского Союза.
В феврале 1945 года Мирковский во главе спецгруппы НКГБ снованаправляется в Западную Украину
и в Белоруссию, где действовали отряды украинских и белорусских националистов. Отряд Мирковского воевал также против так называемой армии освобождения Литвы. На границе Литвы и Пруссии Мирковский командовал спрецгруппой "Мхат", действовавшей с мая по август 1945 года под видом созданной немцами власовской банды.
После войны,с 1953 года, Евгений Мирковский служил советником МГБ СССР при службе госбезопасности Албании, затем возглавлял 13-й отдел КГБ, задачами которого были организация и проведение стратегических диверсий на объектах НАТО, уничтожение врагов СССР, похищение новых образцов вооружения.
В отставку Мирковский вышел в 1955 году. Скончался Евгений Иванович в 1992 году. Похоронен в Москве.