В Нацпарке "Алания" представлены экосистемы, не нарушенные или слабо нарушенные хозяйственной деятельностью: горностепные, горнолесные, скально-луговые, петрофитные, нивально-гляциальные.
За 25 лет как сотрудниками НП "Алания", так и специалистами сторонних организаций проведены исследования ледников, каменных глетчеров, селевой и оползневой активности, камнепадов. Изучались динамика отступания самого крупного в республике Караугомского ледника и происходящие в приледниковой зоне процессы, а также горные озера.
С 1998 г. по 2022 г. в парке проводились исследования флоры и фауны. Упор при этом делался на инвентаризационные и мониторинговые работы. Основные итоги данных исследований можно представить по направлениям. Согласно инвентаризации флоры, достоверно отмечено 797 видов сосудистых растений, их видовой состав приведен в Кадастре НП "Алания"; выявлен видовой состав редких и сокращающих численность реликтовых и эндемичных растений, занесенных в Красные книги России и РСО–А, а также культовые ботанические объекты. Кроме того выявлены и уточнены классические местонахождения таксонов сосудистых растений, описанных из бассейна реки Урух, в том числе и с территории НП "Алания"; видовой состав древесных и полудревесных растений природной флоры горной части бассейна реки Урух, в том числе и НП "Алания". Проведены ценопопуляционные исследования популяций редкого и эндемичного вида харезии Акинфиева в Харесидонском ущелье; фитоценотические исследования сосновых лесов; детальное выявление видового состава флоры уникального высокогорного болота Чифандзар.
Отметим, научными сотрудниками МГУ им. Ломоносова, Зоологического института РАН и Института биологии внутренних вод РАН изучен бентос вод, дано описание и проведены мониторинговые работы уникального регионального памятника природы – реликтового озерца Мадзаскицад, с единственной в РСО–А популяцией водяного лютика. Благодаря спонсорской помощи "РусГидро" территория памятника была благоустроена; проведены наблюдения за динамикой растительности в связи с потеплением климата и отступанием ледников в основных горно-ледниковых долинах: Караугомском, Танадонском, Гуларском и Бартуйском ущельях; выявлен видовой состав макромицетов; начато изучение мохообразных; проведено описание ботанических объектов, расположенных на экологических тропах; проведены мониторинговые работы по оценке влияния выпаса скота на растительность в урочище Уаллагком; проведены наблюдения за естественным восстановлением лесов на бывших необлесенных территориях – лугах, сенокосах и пастбищах.
Итоги инвентаризации животного мира отражены в Кадастрах НП "Алания" за 2012–2016 и 2017–2019 гг.
Часть материалов по беспозвоночным животным (жесткокрылые, стрекозы, прямокрылые и ряд других групп) еще находятся на стадии определения.
С 2010 года в парке начато зимнее кольцевание оседлых птиц.
Зоологами парка, совместно со службой охраны, в 2014 г., была устроена подкормочная площадка в высокогорье для подкормки птиц-некрофагов: белоголового сипа, бородача и др.
На территории НП "Алания" отмечены виды фауны, включенные в Красные книги России и РСО–А. Ежегодно проводились учеты численности животных: зимний маршрутный и визуальный учет высокогорных животных (восточнокавказского тура и серны). Полученные данные заносятся в таблицы, отправляются в Минприроды РФ и РСО–А, хранятся в базе данных научного отдела.
На территории НП проводили свои исследования и именитые специалисты-зоологи, которые изучали донный бентос рек, паразитов крови скальных ящериц; морфологические особенности группы скальных ящериц, фауну птиц. Известный российский орнитолог В.П. Белик выделил НП "Алания" как ключевую орнитологическую территорию международного значения в Кавказском экорегионе.
С 2018 года на территории НП "Алания", силами сотрудников как НП, так и Сочинского питомника леопардов и Института проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова (ИЭПЭЭ) были начаты работы по восстановлению популяции переднеазиатского леопарда на Северном Кавказе.
На территории НП "Алания" сохранилось большое количество памятников различных эпох как федерального, так и регионального значения. Это – многоэтажные боевые башни, жилые и хозяйственные постройки, замки, монументальные склеповые сооружения, святилища, остатки церквей, часовен, мечетей, стоянки древних людей, исторические объекты антропогенного происхождения, следы нарушений природных комплексов как отпечаток хозяйственной и военно-оборонительной деятельности различных эпох.
Научно-исследовательские работы, проводимые в НП "Алания", помимо теоретического значения имеют практическую направленность как для внутренних нужд парка, так и для других отраслей хозяйств.
Для обеспечения эффективного управления территорией НП "Алания", сохранения природно-культурных комплексов и отдельных объектов, способов традиционного природопользования, традиций местного населения на основе результатов наших исследований разрабатываются и методы сохранения и восстановления биоразнообразия. Научные данные необходимы как научному, так и природоохранным сообществам для оперативного анализа состояния природных комплексов и их компонентов.
Ежегодно проводятся наблюдения, анализирующие долгосрочные изменения природной среды, происходящие без прямого антропогенного воздействия, которые применяются для прогнозирования динамики природных процессов, трендов и реакции на них биоты. С такой же периодичностью проводятся исследования состояния растительного покрова, основных компонентов природных комплексов, объектов культурного и природного наследия. Эти материалы используются для подготовки практических рекомендаций фермерам, рекреационным субъектам, работникам лесного и сельского хозяйства, местным жителям. Научные данные используются при лекционной, популяризационной, природоохранной, эколого-просветительской работе. Применяются они также при проектировании, описании и обустройстве экологических троп и туристских маршрутов, подготовке научных статей и докладов на научные конференции, научно-популярных публикаций.
Результаты научных исследований имеют основополагающее значение в плане организации и ведения мониторинга, охране редких и сокращающих численность видов растений и животных, включенных в Красные книги России и РСО–А, подготовке предложений по корректировкам списков "краснокнижных" видов, а также для ведения Государственных кадастров ООПТ и животного мира.
Научные исследования и экологический мониторинг будут продолжаться с широким использованием инновационных технических средств и методик (фото-, видеорегистраторов, GPS-навигаторов, приборов ночного видения, средств связи, систем автономного электропитания, беспилотной авиации, ГИС-технологий и т.п.).
За 25 лет сотрудниками НП "Алания" подготовлены для эколого-просветительского отдела НП буклеты, опубликовано множество фотографий, иллюстрирующих научные работы, тематические сборники, брошюры, буклеты. Результаты научных исследований используются на территории НП "Алания", но их можно адаптировать и в экосистемах всего Северо-Кавказского региона.
Развитие внутреннего туризма является одним из главных направлений экономического развития РСО–А. НП "Алания" – одна из самых посещаемых туристами территория, которая отличается высокогорным климатом, красивейшими пейзажами, большим количеством ледников, минеральных источников, водопадов и других объектов природы. Много здесь и архитектурных памятников средневековья.
Туристско-рекреационные учреждения на территории НП "Алания" в основном находятся в частной собственности. Тут расположено 9 туркомплексов, ведется строительство еще 3-х объектов. Сюда приезжают альпинисты, туристы, экскурсанты и другие рекреанты России и ближнего зарубежья.
Благодаря этому туристско-рекреационному потенциалу НП "Алания" при поддержке Минприроды РФ, Минприроды РСО–А, АМС Ирафского района, Северо-Осетинского отделения Всероссийского общества охраны природы стал центром экологического образования, воспитания и формирования экологической культуры населения.