Как и большинству священников Русской Православной Церкви в XX веке, отцу Иоанну было суждено претерпеть тяжкие гонения и заплатить очень многим за верность своему пастырскому долгу. Его недолгой и полной невзгод жизни было суждено оборваться в Вятском исправительно-трудовом лагере НКВД - в страшном испепеляющем огне лесного пожара.
Иоанн появился на свет в семье псаломщика. В семье Десницких уже подрастали пять дочерей, когда 14 сентября (по старому стилю) 1889 года у Петра и Наталии родился сын, получивший при крещении имя Иоанн. В 1893 году псаломщик Десницкий с семьей переезжает из Зюздино-Христорождественского в только что открытый приход в селе Васильевском Глазовского уезда. Однако по приезде на новое место служения Петр Александрович умирает от чахотки в возрасте 45 лет. Его сыну Иоанну было тогда всего четыре года...
После смерти мужа матушка Наталия осталась с шестью детьми на руках. Когда мальчику исполнилось десять лет, он поступил в Глазовское духовное училище. После его окончания Иоанн переходит в Вятскую духовную семинарию, где попадает под влияние юных вольнодумцев. В мае 1907 года Иоанна вместе с другими участниками волнений исключают из 1-го класса семинарии. Молодой человек, вернувшись домой, не сдался. По словам его дочери Наталии, сумел за два года закончить семинарию экстерном.
В апреле 1909 года Иван был назначен учителем в школу грамоты, находившуюся в деревне Денисята - в приходе Александровской церкви Омутнинского завода Глазовского уезда. В сентябре 1910 года Десницкий переходит на работу учителем в церковную школу села Тортым Глазовского уезда. Ее двухэтажное здание стояло рядом с Богородицким храмом.
Вместе с Иваном Десницким в школе трудилась учительница Анна Ивановна Прокошева, дочь крестьянина, приехавшая в Тортым в 1908 году после окончания Глазовской женской гимназии. Вскоре молодые учителя обвенчались. В марте 1911 года в семье Десницких родились дочь Лидия, а в 1914-м - Екатерина.
В 1909 году в селе Тортым рядом с Богородицкой церковью и школой на средства прихожан и благотворителей начинается строительство каменной пятикупольной церкви с колокольней, скорее всего, по проекту известного вятского архитектора Ивана Чарушина в популярном тогда "неорусском" стиле. Службы в новой Тортымской церкви начались в 1915 году.
Во время гражданской войны в марте 1919-го семья Десницких возвращается в Тортым. Анна Ивановна снова работает в местной школе, а отец Иоанн служит диаконом в каменном Богородицком храме. Но вскоре в Глазовском уезде начинается наступление сибирских и пермских дивизий адмирала Колчака. Вокруг Тортыма идут кровопролитные бои, и вскоре в село входят белогвардейские части.
Священник Тортымского храма Григорий Котельников, у которого советские власти конфисковали дом, хлеб и часть имущества, встретил колчаковцев с радостью. Когда же в июне 1919-го началось стремительное отступление белых, то священник, опасаясь расправы со стороны красных, вместе с колчаковцами бежал из села на Дальний Восток. В 1923 году отец Григорий вернется в Удмуртию, станет священником села Сосновка Шарканского района и будет расстрелян в 1938-м.
После бегства батюшки Богородицкий храм недолго оставался без пастыря. В августе 1919 года отец Иоанн становится священником при церкви села Тортым. Вместе с ним в 1920-е годы в храме служили молодой священник Петр Арбузов, диакон и псаломщик.
Первоначально семья отца Иоанна жила в "казенном" доме, предоставленном как учительнице Анне Ивановне. Однако из-за эпидемии тифа их квартира была занята под больницу, и Десницких перевели в частный дом. Но когда его хозяин за короткий срок поднял квартплату, то Тортымский волисполком предложил Анне Ивановне для жилья старый полуразвалившийся дом давно умершего псаломщика Кибардина. И Десницкие согласились.
"Желая обзавестись собственным углом", отец Иоанн в 1920 году на деньги, заработанные женой в школе, своими руками и при помощи односельчан и нанятых плотников сумел заново отстроить маленький домик.
В 1922-м к дому Десницких прирезали земельный участок - "одворицу". На нем трудолюбивый священник с женой и детьми устроил пасеку и засеял часть земли клевером и медоносными травами, разбил сад. К тому времени в семье отца Иоанна уже подрастали два сына и две дочери. Чтобы прокормить большое семейство, Десницкие, как и все селяне, держали лошадь и корову с телкой.
После начала проведения в стране коллективизации отец Иоанн помимо унижений и уплаты многочисленных налогов, как "лишенец", должен был ходить на обязательные работы. В начале 1930 года его вместе со старшей дочерью отправляют на лесозаготовки.
В отсутствие хозяина бригадир Светлаков, которому приглянулось справное хозяйство "попа", решил "раскулачить" его. Как потом писал в одной из жалоб отец Иоанн, 18 февраля, когда "жена моя лежала больная после родов, у меня было отобрано все движимое имущество до последней нитки, не исключая и белья, выстиранного и вывешенного на морозе для просушивания. 27 февраля семья моя была лишена и своего угла...".
Больная матушка Анна "едва могла дотащиться до новой квартиры с четырьмя малолетними детьми ... и была помещена в избу шесть аршин кругом вместе с семейством кулака Курочкина. Мой дом занял объездчик Светлаков Гавриил Родионович, бывший тогда ответственным бригадиром по лесозаготовкам и принимавший самое активное участие в отобрании моего имущества и выселения моего семейства из дома...". Корова, гуси и 80 пудов картофеля тоже достались Светлакову. Пять ульев, мед и другое имущество были описаны и частью проданы с торгов.
Когда же вернувшийся с лесозаготовок ограбленный священник начал требовать справедливости, то районный исполком предложил тортымским властям вернуть ему дом. Тогда Светлаков собирает комиссию из трех лиц и задним числом, спустя полтора месяца после конфискации, причисляет отца Иоанна к "кулацкой группе" и оформляет его выселение из дома, как "кулака".