В 1911 году вдова купца Ксения Никитична и ее сын Владимир Васильевич решили в память мужа и отца возвести в поселке Агафоновка за полотном железной дороги церковь-школу.

В "Годовом отчете" епископа Саратовского и Царицынскаго Алексия (Дородницына) за 1912 год в главе "О положении церковно-школьного дела в Саратовской епархии" отмечено, что "Саратовская купчиха Ксения Никитична Агафонова пожертвовала более 5000 рублей на постройку церкви-школы в поселке Агафоновка".

Проект небольшой церкви на 50 прихожан с отделением для церковно-приходской школы составил местный зодчий, младший архитектор строительного отделения Саратовского губернского правления Михаил Гаврилович Зацепин (1876-1950 гг.).

В том же 1912 году здание каменной однопрестольной церкви-школы было готово, храм освятили во имя Благовещения Пресвятой Богородицы. Благовещенская церковь была построена в древнерусском стиле: над сооружением возвышался на круглом барабане купол, а над входом устроена небольшая двухарочная звонница, украшенная тремя главками. Облик храма напоминал церкви древнего Пскова.

После событий октября 1917 года храм закрыли. Из Благовещенской церкви сделали так называемую "коммуналку": расширили помещение, разделив его и учебный класс на комнатки, снесли звонницу и купол, а затем, сняв крышу, соорудили второй этаж с жилыми помещениями над всем зданием, исключая лишь алтарную часть. Из входного портала в школу, также расширив его, строители устроили лестничную клетку на второй этаж

В начале 2005 года началось постепенное расселение жильцов из обезображенной церкви. 1 марта 2005 года на храме заново установили купол, а уже 23 марта, в Неделю Торжества Православия, в Благовещенском храме были совершены Чин положения Святого Антиминса и первая Божественная литургия.

В настоящее время в здании церкви ведутся масштабные ремонтно-восстановительные работы.

При подготовке материала использована информация официальных сайтов eparhia-saratov.ru и blagafonowka.cerkov.ru.